Программное обеспечение

В лаборатории «Компьютерные технологии» в исследовательских целях разрабатывается большое число программ и веб-сервисов. Ниже представлен список только некоторых из них.

Работы ведутся по одному из четырех направлений — Биоинформатика, Технологии программирования, Машинное обучение или Эволюционные вычисления.

 

Биоинформатическое ПО:

  • Сборка генома:
    • Сборщик генома ITMO Genome Assembler — программное средство для de novo сборки геномных последовательностей из чтений, полученных с секвенаторов Illumina/Solexa, Ion Torrent, Sanger.
  • Обработка данных метагеномного секвенирования:
    • Metafast — программное средство для высокопроизводительного сравнительного анализа метагеномов на основе анализа графа Де Брейна.
    • MetaCherchant — программное средство для анализа и визуализации геномного окружения у антибиотико-резистентных генов в микробиоте кишечника человека.
  • Phantasus
  • GAM
  • gatom