Программное обеспечение
В лаборатории «Компьютерные технологии» в исследовательских целях разрабатывается большое число программ и веб-сервисов. Ниже представлен список только некоторых из них.
Работы ведутся по одному из четырех направлений — Биоинформатика, Технологии программирования, Машинное обучение или Эволюционные вычисления.
Биоинформатическое ПО:
-
Сборка генома:
- Сборщик генома ITMO Genome Assembler — программное средство для de novo сборки геномных последовательностей из чтений, полученных с секвенаторов Illumina/Solexa, Ion Torrent, Sanger.
-
Обработка данных метагеномного секвенирования:
- Metafast — программное средство для высокопроизводительного сравнительного анализа метагеномов на основе анализа графа Де Брейна.
- MetaCherchant — программное средство для анализа и визуализации геномного окружения у антибиотико-резистентных генов в микробиоте кишечника человека.
- Phantasus
- GAM
- gatom